Pelayanan kefarmasian sebagai salah satu unsur dari pelayanan utama di rumah sakit, merupakan bagian yang tidak dapat dipisahkan dari sistem pelayanan di rumah sakit yang berorientasi kepada pelayanan pasien, penyediaan obat yang bermutu, termasuk pelayanan farmasi klinik yang terjangkau bagi semua lapisan masyarakat. Praktek pelayanan kefarmasian merupakan kegiatan terpadu, dengan tujuan untuk mengidentifikasi, mencegah dan menyelesaikan masalah yang berkaitan dengan obat dan kesehatan.
RSUD Cengkareng memiliki sistem pelayanan farmasi yang terpadu dan tersebar di beberapa lantai. Apotik RSUD Cengkareng terletak di lt. 1 yang melayani pelayanan farmasi dan obat - obatan selama 24 jam dan Apotik Lt.2 yang juga melayani permintaan obat - obatan terutama untuk poliklinik di lantai 2. Depo Farmasi terletak di lantai 5 dan Gudang Farmasi di lantai 6 yang kesemuanya menggunakan satu sistem terpadu yang memberikan kelancaran baik pendistribusian dan penyediaan obat - obatan dan alat kesehatan di seluruh Unit Pelayanan Medis Rumah Sakit.
Dengan di dukung dengan peralatan obat modern dan sarana transportasi Pneumatic tube mampu mempercepat proses pelayanan farmasi di setiap loket farmasi demi kelancaran dan kenyamanan pasien dan pengunjung Rumah Sakit.
